Misión

Ser un instrumento de gestión que permita la conservación in situ de la biodiversidad marina y costera, diseñado para la protección de áreas significativas y representativas, de modo que se garantice la viabilidad en el tiempo de los ecosistemas y especies, y favorezca la consolidación de un Sistema Nacional completo, eficazmente gestionado y ecológicamente representativo de Áreas Protegidas Nacionales, Regionales y Locales.

Visión

Al 2019 el Subsistema de Áreas Marinas Protegidas estará diseñado e implementado en el Marco de la estructura y objetivos del Sistema Nacional de Áreas Protegidas del país, siendo conformado por las Áreas Protegidas de Carácter Costero, Marino y Marino Costero pertenecientes al Sistema de Parques Nacionales Naturales-SPNN, así como de otras áreas declaradas por resolución del Ministerio de Ambiente y desarrollo Sostenible-MADS y figuras de manejo y protección del orden regional como Distritos de Manejo integrado-DMI y Áreas Protegidas Regionales con Área en zonas marinas y  costera. Se tendrá conformada una Red representativa de la biodiversidad in situ marina costera, con las áreas existentes hoy y con las nuevas AMP declaradas que aportarán al logro de los objetivos del Convenio de Biodiversidad.

Metas

El proyecto busca cumplir las siguientes metas:

1. Desarrollar un Marco Legal, Institucional y Operacional con el fin de facilitar la efectividad y eficiencia de los objetivos de manejo de las Áreas Marinas Protegidas-AMP a nivel nacional y regional.
2. Articular una Red de Trabajo entre las Áreas existentes y las futuras.
3. Asegurar el incremento de ingresos y diversificación de fuentes de fondos para que las AMP alcancen las metas de conservación de biodiversidad y uso sostenible a través del establecimiento de un Subsistema eficiente, efectivo y eficaz.
4. Incremento en la capacidad de manejo a través de un programa de capacitación para personal clave tanto a nivel institucional como a nivel de sitio.
5. Generar conciencia en la población colombiana y la comunidad internacional sobre la importancia de la conservación de la biodiversidad marino-costera y la necesidad de la existencia e importancia del papel que desempeña el Subsistema de Áreas Marinas Protegidas y de las Áreas Marinas Protegidas.